यस महाशाखा अन्तर्गत पाँच शाखा रहेका छन् :

• योजना तथा अनुगमन शाखा
• अध्ययन, डिजाइन तथा नवप्रवर्तन शाखा
• विकास सहायता तथा प्रादेशिक समन्वय शाखा
• सिँचाइ तथा बहुउद्देश्यीय शाखा
• खरिद तथा सम्झौता व्यवस्थापन शाखा

#

यस महाशाखाले सम्पन्न गर्ने कामको प्रकार :

• जलस्रोत, सिँचाइ, जल उत्पन्न प्रकोप तथा जलाधार व्यवस्थापन क्षेत्रको विकास तथा व्यवस्थापनको लागि आवश्यकता अनुसार उपयुक्त नीति, रणनीति, गुरुयोजना नियम ऐन र कानून तर्जुमा गर्ने गराउने कार्यमा आवश्यक सहयोग पुर्याउने।
• विभाग अर्न्तगत सञ्चालन हुने राष्ट्रिय महत्वका तथा पहिचान भएका सिँचाइ, जल उत्पन्न प्रकोप तथा जलाधार व्यवस्थापन आयोजनाहरूको पूर्व सम्भाव्यता अध्ययन, सम्भाव्यता अध्ययन तथा विस्तृत अध्ययन गर्ने गराउने र स्वीकृतिको लागि आवश्यक कार्य गर्ने साथै यस सम्बन्धी खरिद सम्बन्धी कार्यहरू गर्ने।
• जलस्रोत, सिँचाइ, जल उत्पन्न प्रकोप तथा जलाधार व्यवस्थापन पहिरो व्यवस्थापन आयोजनाहरूको विस्तृत अध्ययन प्रतिवेदन, डिजाइन, लागत अनुमान सम्बन्धी कार्यहरू गर्ने।
• वैदेशिक सहायता उपलब्ध गराउन तथा बैदेशिक सहायतामा सञ्चालन हुने आयोजनाको समन्वय गर्ने।
• जलस्रोत सम्बन्धित आयोजना/कार्यक्रमहरूको भौतिक, आर्थिक, सामाजिक एवं वातावरणीय अनुगमन तथा मूल्याङ्कनको प्रकृया एवं कार्यविधिहरूको विकास गर्ने।
• सम्बन्धित सबै महाशाखाहरूसँग समन्वय गरी प्राप्त बजेट सीमा तथा मार्ग निर्देशन अनुरूप कार्यक्रमहरू तयार गरी निर्णयार्थ पेश गर्ने। नियमित प्रगति विवरण तयार गर्ने मथिल्लो निकायहरूमा प्रेषित गर्ने तथा प्रगति समीक्षा बैठकको व्यवस्था गर्ने।
• विभागबाट सञ्चालन हुने आयोजनाहरू तथा कार्यक्रमहरूको सञ्चालनबाट वातावरणमा पर्न सक्ने प्रभावहरूको न्यूनिकरणका उपायहरूको अध्ययन मूल्याङ्कन गर्ने तथा पेश हुन आएका प्रारम्भिक वातावरण परीक्षण तथा वातावरण प्रभाव मूल्याङ्कन प्रतिवेदनहरूको चेक जाँच गर्न लगाइ आवश्यक सुझावसहित स्वीकृतिका लागि सिफारिस गर्ने।
• विभिन्न निकाय अन्तर प्रदेश सङ्घ र प्रदेश बीच जलस्रोत तथा सिँचाइ क्षेत्रको विकास एवं व्यवस्थापनको लागि आवश्यक समन्वयगर्ने।
• द्विदेशीय समिति तथा अन्तर प्रदेश समितिहरूको बैठक सञ्चालन गर्न तथा निर्णय कार्यन्वयन गर्न आवश्यक समन्वय गर्ने।
• अन्तर जलाधार जल स्थान्तरण, बहुउद्देश्यीय एवं ठूला सिँचाइ (लिफ्ट सिँचाइ समेत), साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजना, जलस्रोत संरक्षणहरूको विकासको निमित्त आवश्यक नीति नियमको मस्यौदा तर्जुमा गरी महानिर्देशक समक्ष पेश गर्ने।
• अध्ययनको क्रममा रहेका अन्तर जलाधार जल स्थान्तरण बहुउद्देश्यीय एवं ठूला सिँचाइ (लिफ्ट सिँचाइ समेत), साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजना, जलस्रोत संरक्षणहरूको लागि आवश्यक राय सुझाव दिने साथै ती आयोजनाहरूसँग समन्वयगर्ने।
• अन्तरजलाधार जल स्थानान्तरण, बहुउद्देश्यीय एवं ठूला सिँचाइ, साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजना, जलस्रोत संरक्षणहरूको अनुगमन तथा सुपरिवेक्षण, रेखदेख गर्ने, आवश्यक निर्देशन दिने, गुणस्तर नियन्त्रण गर्ने गराउने।
• अन्तरजलाधार जल स्थानान्तरण, बहुउद्देश्यिय एवं ठूला सिँचाइ आयोजना, साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजना, जलस्रोत संरक्षण आयोजनाहरूको विस्तृत अध्ययन प्रतिवेदन, डिजाइन, नक्सा, लागत अनुमान सम्बन्धी कार्यहरू गर्ने।
• अन्तरजलाधार जल स्थानान्तरण, बहुउद्देश्यीय एवं ठूला सिँचाइ, साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजनाहरूमा हुने परामर्श सेवा तथा निर्माण कार्यको खरिद म्याद थप भेरिएशन सम्बन्धित कार्यहरू गर्ने।
• विभाग र मातहतका निकायबाट हुने सार्वजनिक खरिदको लागि आवश्यक पर्ने स्टैण्डर्डस् डकुमेन्टहरू तयार गर्ने, गराउने एवं खरिद तथा सम्झौता व्यवस्थापन कार्यमा आवश्यक सहयोग तथा समन्वय गर्ने।
• सार्वजनिक खरिद अनुगमन कार्यालयको निर्देशनहरूको पालना, स्टैण्डर्डस् डकुमेन्ट प्रयोग गर्ने व्यवस्था गर्ने तथा अन्य समन्वय गर्ने।
• महाशाखा अन्तर्गतको साथै अन्तरजलाधार जल स्थानान्तरण, बहुउद्देश्यीय एवं ठूला सिँचाइ, साना तथा मझौला जलाशययुक्त आयोजनाहरूसँग समन्वय गरी सूचना प्रगति विवरण तथा अनुगमन गरी प्रगती प्रतिवेदन तयार गर्ने।
• सिँचाइ तथा जलस्रोत आयोजनाहरूको आयोजना कार्यान्वयन सम्बन्धमा सहजीकरण गर्ने
• बाँध विकास बाँध डिजाइन, बाँध सुरक्षा सम्बन्धमा नीति, नियम, डिजाइन स्ट्याण्डर्ड, म्यानुअल निर्माण तथा क्षमता बिकासका कार्यहरू गर्ने।
• महाशाखा अन्तर्गतका शाखाहरू बीच समन्वय गर्ने / गराउने।